Puede ser por eso (es eso, me acuerdo de haberlo leído), quizás Debian Installer no usa Anaconda...no sé, yo tengo entendido que no es un problema del gestor de arranque, sino del instalador (anaconda) que asigna unas geometrías al disco que no le corresponden y bla bla bla (más info, ya sabes)
pero que vamos, ayer instalé la core 2 (sí, con la 3 todavía no me 'atrevo') y de PM.
De todas maneras siempre se pueden hacer las particiones antes de instalar (las hago con la instalación de Mandrake 10, escribo la tabla de particiones y luego reinicio XD).
PD: Además las versiones "current" del Debian Installer no tienen ya ese problema...
PD2: Linex2004 sí que tiene ese problema... y en versión más-grave-todavía... a una persona del foro de www.gnuinos.org le ha destrozado las particiones de windows y ha perdido todos los datos del disco...