Yo utilizo el xmule, me daba un pequeño error porque utilizaba la misma carpeta de windows para bajar, pero lo solucioné poniendo la opción "quiet" en fstab.
Xmule funciona de muerte mejor que el emule de windows.
Y también utilizo el bittorrent oficial en linux, es un poco más coñazo para instalar, pero tambien funciona bien.