JCA

unir videos:
mencoder video1 video2 video10 videoN -oac codecaudio -ovc codecvideo -of formato_de_salida -o video_resultante

Empezamos:
mencoder video_original -oac mp3lame -ovc x264 -of nuevo_formato -o video_resultante
donde:
-oac codecs de audio
-ovc codecs de video
-of formato del archivo resultante (si no se pone el formato por defecto es avi)
-ofps frames por segundo
-o nombre del video resultante

Para ver los codecs y formatos disponibles:
mencoder -oac help -ovc help -of help