El aegisub tiene su propia pagina y su canal de irc, para una buena respuesta deberias pasarte por alli y preguntar. De todas formas te aconsejo que amplies un poco más la información que das del problema, como que cargas/abres/ejecutas cuando te da el error, si es un video que tipo de video es, si es un subtitulo que tipo de subtitulo... por lo demás bajate la ultima version del aegisub aunque sea beta y prueba a ver. ¿Has pensado que a lo mejor no es culpa del aegisub?¿Puede ser problemas de codecs o de otra cosa?
Si es mas son problemas con codecs, desde que quise ripear dvd y que instale varias cosas se me hizo un desastre con los codecs la solucion que le veo para ya eliminar este problemas y muchos es formatear mi pc
Gracias