Pues el problema que veo es que aunque ambos sean widescreen el aspecto no es proporcional, la resolución 1360*768 tiene una aspecto de 16:9 y la de 1440*900 es de 16:10, la diferencia es poca pero es lo que causa que se vean las barras negras. Igual podrías explicar el problema un poco mejor porque de ese párrafo que te quoteo no te entendí un carajo xD
Veamos si puedo explicarlo mejor xD.
Antes de formatear, cuando duplicaba la pantalla en mi TV (res nativa de mi monitor= 1920x10080 y la de mi tv= 1360x768), la cosa quedaba en 1360x768 en ambas pantallas y en mi monitor no se perdía imagen. Al igual cuando por ejemplo jugaba cosas a menor resolución que mi nativa (para probar rendimiento) la cosa se veía bien sin pérdidas siempre y cuando tratara con una resolución 16:9.
Ahora no pasa eso, cuando duplico las pantallas, mi PC dice que ambas están a 1360x768 pero si me voy al menú interno del monitor me sale que está a 1440x900 y obviamente pierdo pantalla, y cuando pruebo con algún videojuego (por ejemplo, The witcher 2) una resolución como 1360x768, 1280x720 y cosas similares, el video no se "ajusta" a la pantalla y se ven barras perdiéndose video, aparte de verse bastante mal y poco centrado. Le sacaré una foto guarra con el cel para que vean:
Probando a 1360x768, que antes del formateo se veía bien:

Y viendo en el control interno del monitor me señala una resolución 19:10 :s.

Y probando a 1280x720:

Otra resolución que no corresponde con la que puse.
Con otro software (Civilization V):

Mismo problema, nuevamente el monitor marca una resolución 16:10:

Obviamente lo mismo pasa con windows. El problema explicándolo en pocas palabras, es que si pongo una resolución 16:9 que no es mi nativa, el monitor tira una resolución 16:10 independiente de que este probando una 16:9. Las 16:10 tiran 16:10 y las 4:3 igual, solo hay problemas con las 16:9.

Palabras de un gran pensador y poeta:
Esto es lo que queremos. Queremos verlas salvajemente violadas, nada de chorradas de si te enseño la teta, te dejo de enseñar las bragas, ay que casi se me ve el coño. Queremos verlas ahogadas en mares de lefa (y sangre, por lo menos la primera vez) saliendo de sus coños.