Mira compadre necesitas el programa VirtualDub o VirtualDubMod (de preferencia este ultimo) y el filtro Subtitler para ese programa.
Los tipos de subtitulos deben ser SSA. Los puedes convertir con el Subtitleworkshop.
Abres el video con el virtualdub, abres los filtros y seleccionas el Subtitler, despues seleccionas el archivo de los subtitulos y le puedes dar preview para ver que tal.
Despues solo dale guardar como al archivo y listo.
En esta pagina encuentras una explicación mas a detalle y los programas y el filtro para descargarlos
http://www.mundodivx...titulos/avi.php