Si no tienes experiencia, casi mejor no meterte en complicaciones y poner Ext3. Ext3 es una versión mejorada del Ext2, que incluye el "journaling", es decir, un sistema de registro de transacciones que reduce prácticamente a cero los problemas de clusters perdidos por apagados o reinicios repentinos. Reiserfs es otro sistema con journaling más reciente y creo que en algunas distribuciones de Linux es necesario recompilar el kernel para añadirle los controladores para reconocer y manejar ese tipo de sistema de ficheros.
Mi consejo para las particiones:
Puedes aprovechar el disco viejo de 15 GB para Linux, haciéndole cuatro particiones:
- Una pequeñita, de 64 o 128 MB, para alojar /boot (los archivos de arranque de Linux)
- Una de 256 o 512 MB para alojar swap (memoria virtual)
- Una de unos 5 GB para alojar /, /var y /tmp (el sistema operativo)
- Y el resto en otra para /home (los archivos de usuario)
De esta forma tendrás bastante flexibilidad, pues puedes tener fácilmente varios arranques en el gestor de arranque (por si cambias de kernel) y tienes separados los ficheros propios de los del sistema. Si tienes que reinstalar el Linux, no perderías tus datos, que se quedan en /home a salvo.
En cuanto al disco nuevo, conviene hacerle también varias particiones, para evitar que FAT32 desperdicie mucho espacio. Ten en cuenta que Linux, con el soporte adecuado añadido, puede leer NTFS, pero lo típico es que no tengas esa posibilidad sin una recompilación de kernel para añadirle los controladores. Y por ahora, según tengo entendido, mejor olvidarse de intentar escribir en NTFS desde Linux, porque lo más fácil es que te arruine la partición entera.