Me he dado cuenta a traves de los errores que recibo por sentry que el motor de busqueda estaba dando errores al buscar algunos caracteres en concreto (como comillas por ejemplo). He actualizado sphinx a la ultima version asi como las gem thinking-sphinx y regenerado los indices. Por las pruebas que he hecho parece que funciona correctamente y ahora ya escapa esos caracteres sin dar problemas.
Si veis algo raro en la busqueda de animes o descargas me comentais. Ha sido basicamente meter la nueva version de esto (https://github.com/pat/thinking-sphinx) , actualizar el daemon de sphinx y cambiar la sintaxis en un par de sitios