Todas las guerreros, incluida Bunny, han pasado al bachillerato y Chibiusa ha decidido volver a Cristal Tokyo. Tras destruir el Circo de la Luna Muerta, se respira tranquilidad en las vidas de las chicas. Pero todo lo bueno dura poco. Entre las ruinas del circo, una oscura entidad libera a Neherenia para que pueda vengarse de Guerrero Luna y compañía. El plan de Neherenia es dominar la voluntad de Armando, de modo que le sea fiel y hacer daño así a Bunny (Chibiusa nunca nacería). Andrea (Hotaru), que sigue siendo un bebé tras haber renacido, reacciona ante la fuerza maligna y vuelve a recuperar su forma de chiquilla. Junto a Plutón, Neptuno y Urano va en ayuda de Guerrero Luna. La batalla final para Neherenia está a punto de comenzar. Tras la batalla, aparece en escena la Guerrero Galaxia, la guerrera más poderosa, la escogida para encerrar el caos y eliminarlo del universo. Pero viendo que una vez cumpliera su misión ya no tendría una razón para vivir, se desprendió de su semilla estelar y el caos se aprovechó para dominarla. Desde la cadena "Galaxia TV", ordena a sus seguidoras, las "Anima mates", que se apoderen de las semillas estelares con más energía para lograr el control del universo. Cuando comienzan las luchas, aparecen en escena las guerreras Star Lights, que buscan a su princesa desaparecida, Kakyuu, que puede pararle los pies a Guerrero Galaxia. En la vida diaria, en el Instituto Juuban se matriculan los miembros del popular grupo musical Three Lights, Seiya, Taiki y Yaten. Y a Bunny se le presenta una niña que todavía no sabe hablar y que se parece a ella cuando era pequeña, por lo que la llaman Chibi Chibi ¿Quién es esta misteriosa niña? En la batalla definitiva por la paz del universo, ¿conseguirán Guerrero Luna y sus compañeras salvar el mundo derrotando a Galaxia? Estos 34 episodios, con los que se alcanza la cifra redonda de 200 capítulos, dan por concluida una de las series más populares de la historia, un éxito de Naoko Takeuchi, de Nakayoshi (manga) y de la Toei (anime).

El tiempo pasa plácidamente desde la victoria sobre la Luna Negra para Bunny y sus amigas. Pero las fuerzas del mal nunca descansan. En un lúgubre sotano usado como laboratorio, el científico Souichi Tomoe y su ayudante Kaori Naito están llevando a cabo un maléfico plan para permitir la entrada del ente demoníaco "Faraón 90", lo que supondría el fin del mundo cuando se produzca el caos absoluto. Mediante la bioingeniería, el profesor Tomoe crea unas semillas que toman posesión de un objeto, transformándose en demonios. Estos demonios tienen como fin buscar en los corazones puros de los humanos para encontrar los tres talismanes que, juntos, harán aparecer el Santo Grial, cuyo poder puede despertar a la misteriosa "Mistress 9", el Mesías del Silencio, que causará el caos necesario para el arribo de "Faraón 90". Ray comienza a tener sueños premonitorios en los que ve su muerte y la del resto de guerreros por el poder caótico de una enigmática figura a la que no logra ver la cara, el Mesías del Silencio. No explica nada al resto de chicas para no preocuparlas y, juntas, inician la lucha contra los demonios enviados por el profesor Tomoe y sus lugartenientes de "Brujas 5". Aparecen dos guerreros que no saben bien si son amigas o enemigas: Guerrero Urano y Guerrero Neptuno. Tan pronto las ayudan como las avisan de que no se entrometan en sus asuntos. También está por medio Chibiusa, que ha vuelto del futuro para realizar su entrenamiento como Guerrero Pequeña Luna, y que se hace amiga de una enfermiza chiquilla de su edad llamada Andrea (Hotaru), cuyo apellido es Tomoe y su padre es científico... ¿Lograrán Bunny y sus compañeras encontrar el Santo Grial antes que el profesor Tomoe? ¿Conseguirán que las guerreros Urano y Neptuno se unan a ellas en la batalla? ¿Y qué misterio esconde la débil Andrea? Tercera saga de la archifamosa obra de Naoko Takeuchi. Considerada por sus aficionados como la mejor parte de Sailormoon, es sin duda la que tiene una mayor calidad de animación y, posiblemente, una mejor historia.

Pocos meses después del combate definitivo contra la reina Beryl y la destrucción del Reino de la oscuridad, Luna y Artemís ven cómo el mal acecha la Tierra de nuevo, razón por la que se ven obligados a devolver la memoria a Bunny (Usagi), Amy (Ami), Ray (Rei), Patricia (Makoto) y Carola (Minako). Dos gemelos extraterrestres, Alex (Eiru) y Anne (An), están robando la energía de los humanos para que el árbol de la Maldad pueda seguir proporcionándoles sus frutos, única fuente que les permite seguir viviendo. Haciéndose pasar por humanos, Natsumi y Seijuro, asisten al Instituto Juuban como la mayoría de las sailors y establecen una tirante relación con ellas, sobre todo con Bunny, ya que álex flirtea con ella, lo que enfada sobremanera a Anne, aunque ella también flirtee con Armando (Mamoru), que no ha recobrado la memoria como las chicas. Esto lleva a disputas entre Anne y Bunny. Mientras las luchas se suceden con los enviados de álex y Anne, aparece el misterioso Caballero Luz de Luna (Tsukikage no Knight) para ayudar a las sailors. ¿Quién es el Caballero Luz de Luna? ¿Recobrará la memoria Armando? ¿Saldrán airosas las guerreros? La segunda saga de esta temporada se inicia con la llegada de una enigmática niña llamada Usagi, a la que apodan "Chibiusa", que gracias a una pelota con forma de cara de gato llamada "P" puede hacer magia. Así hipnotiza a la familia de Bunny para que crean que es una más de la familia y vivir con ellos con un fin: conseguir el Cristal de Plata. Mientras las chicas intentan saber más de la pequeña, aparece un nuevo enemigo: la Luna Negra, que ha conquistado la Tierra del siglo XXX y tienen sitiada la capital del mundo, Cristal Tokyo. Su líder, el príncipe Diamante, acompañado de su hermano Zafiro, de Esmeralda, Rubeus y el perverso Hombre sabio, llega desde el futuro en busca del Cristal de Plata, que por algún motivo desconocido desapareció del palacio real de Cristal Tokyo. ¿Lograrán las guerreros derrotar a la Luna Negra y salvar el Cristal Tokyo del siglo XXX? ¿Y quién es realmente Chibiusa? Cuando la Toei pretendió continuar con una segunda serie sobre la obra de Naoko Takeuchi, se encontró con un problema: había muy poco material para adaptar. Así, se decidió crear una mini-saga para dar tiempo a tener más material, la saga de Eiru y An. Tras estos 13 episodios, se retomó la historia que publicaba Takeuchi en la revista femenina Nakayoshi, con la aparición de nuevos personajes que serían fijos en siguientes temporadas. Y también un personaje que pese a aparecer pocos episodios encandiló al público: la Dama Negra (Black Lady).

Akazukin Chacha (Chacha, la Caperucita Roja) es la historia de una aprendiz de bruja, Chacha, que vive con su maestro Seravy, el Mejor Mago del Mundo, en el Monte Mochimochi. Chacha es una niña muy alegre y buena con todo el mundo, aunque no es que sea precisamente la mejor de las magas: siempre que va a lanzar un hechizo, se equivoca en alguna cosa e invoca algo completamente distinto a lo que quería. Chacha tiene dos amigos: Riiya y Shiine-chan. Riiya es un chaval sano y fuerte al que le encanta comer; bueno, más bien, SÓLO piensa en comer. También es un hombre-lobo, transformándose en un pequeño lobo blanco a voluntad. Shiine-chan es un chico inteligente y educado, es un aprendiz de mago de Dorothy, una "amiga" de la infancia de Seravy y con quien no para de pelearse. Juntos ayudarán a Chacha contra los esbirros del Señor Oscuro, que quiere matarla por alguna extraña razón... A estos dos se le añaden los amigos de la escuela de magia, como Orin-chan, una ninja monísima que está enamorada de Shiine-chan; Yakko-chan, la Caperucita Negra, que se pelea con Chacha porque quiere casarse con Seravy; Marin, una sirena que está loca por Riiya; Rascal, profesor de la clase de Chacha y que da clases a sus alumnos con amor y con su látigo... Estos y otros personajes harán de Akazukin Chacha una serie llena de humor y gags, que más de un entendido de anime podrá reconocer.