Pocos meses después del combate definitivo contra la reina Beryl y la destrucción del Reino de la oscuridad, Luna y Artemís ven cómo el mal acecha la Tierra de nuevo, razón por la que se ven obligados a devolver la memoria a Bunny (Usagi), Amy (Ami), Ray (Rei), Patricia (Makoto) y Carola (Minako). Dos gemelos extraterrestres, Alex (Eiru) y Anne (An), están robando la energía de los humanos para que el árbol de la Maldad pueda seguir proporcionándoles sus frutos, única fuente que les permite seguir viviendo. Haciéndose pasar por humanos, Natsumi y Seijuro, asisten al Instituto Juuban como la mayoría de las sailors y establecen una tirante relación con ellas, sobre todo con Bunny, ya que álex flirtea con ella, lo que enfada sobremanera a Anne, aunque ella también flirtee con Armando (Mamoru), que no ha recobrado la memoria como las chicas. Esto lleva a disputas entre Anne y Bunny. Mientras las luchas se suceden con los enviados de álex y Anne, aparece el misterioso Caballero Luz de Luna (Tsukikage no Knight) para ayudar a las sailors. ¿Quién es el Caballero Luz de Luna? ¿Recobrará la memoria Armando? ¿Saldrán airosas las guerreros? La segunda saga de esta temporada se inicia con la llegada de una enigmática niña llamada Usagi, a la que apodan "Chibiusa", que gracias a una pelota con forma de cara de gato llamada "P" puede hacer magia. Así hipnotiza a la familia de Bunny para que crean que es una más de la familia y vivir con ellos con un fin: conseguir el Cristal de Plata. Mientras las chicas intentan saber más de la pequeña, aparece un nuevo enemigo: la Luna Negra, que ha conquistado la Tierra del siglo XXX y tienen sitiada la capital del mundo, Cristal Tokyo. Su líder, el príncipe Diamante, acompañado de su hermano Zafiro, de Esmeralda, Rubeus y el perverso Hombre sabio, llega desde el futuro en busca del Cristal de Plata, que por algún motivo desconocido desapareció del palacio real de Cristal Tokyo. ¿Lograrán las guerreros derrotar a la Luna Negra y salvar el Cristal Tokyo del siglo XXX? ¿Y quién es realmente Chibiusa? Cuando la Toei pretendió continuar con una segunda serie sobre la obra de Naoko Takeuchi, se encontró con un problema: había muy poco material para adaptar. Así, se decidió crear una mini-saga para dar tiempo a tener más material, la saga de Eiru y An. Tras estos 13 episodios, se retomó la historia que publicaba Takeuchi en la revista femenina Nakayoshi, con la aparición de nuevos personajes que serían fijos en siguientes temporadas. Y también un personaje que pese a aparecer pocos episodios encandiló al público: la Dama Negra (Black Lady).

Akazukin Chacha (Chacha, la Caperucita Roja) es la historia de una aprendiz de bruja, Chacha, que vive con su maestro Seravy, el Mejor Mago del Mundo, en el Monte Mochimochi. Chacha es una niña muy alegre y buena con todo el mundo, aunque no es que sea precisamente la mejor de las magas: siempre que va a lanzar un hechizo, se equivoca en alguna cosa e invoca algo completamente distinto a lo que quería. Chacha tiene dos amigos: Riiya y Shiine-chan. Riiya es un chaval sano y fuerte al que le encanta comer; bueno, más bien, SÓLO piensa en comer. También es un hombre-lobo, transformándose en un pequeño lobo blanco a voluntad. Shiine-chan es un chico inteligente y educado, es un aprendiz de mago de Dorothy, una "amiga" de la infancia de Seravy y con quien no para de pelearse. Juntos ayudarán a Chacha contra los esbirros del Señor Oscuro, que quiere matarla por alguna extraña razón... A estos dos se le añaden los amigos de la escuela de magia, como Orin-chan, una ninja monísima que está enamorada de Shiine-chan; Yakko-chan, la Caperucita Negra, que se pelea con Chacha porque quiere casarse con Seravy; Marin, una sirena que está loca por Riiya; Rascal, profesor de la clase de Chacha y que da clases a sus alumnos con amor y con su látigo... Estos y otros personajes harán de Akazukin Chacha una serie llena de humor y gags, que más de un entendido de anime podrá reconocer.