Alrededor del año 2030 en la nueva ciudad de Tokio, donde seres humanos y seres de mundos paralelos llamados Dimensiones de afinidad conviven. El Buddyfight escoge a humanos y los empareja con un Buddy Monster, formando un dúo que lucha contra otros dúos. En algunas ocasiones, las batallas que se libran pueden llegar a influir en el destino de las naciones. Gao Mikado es un estudiante de sexto curso en la Academia Aibo que siempre ha querido aliarse con un Monster y ser un Buddyfighter. Un día, Gao ve a un niño sufriendo bullying por parte de unos maleantes y le ayuda a escapar usando sus habilidades Aiki-jujutsu. Gracias a ello, Drum Bunker Dragon, un Monster e hijo del héroe del Dragon World, ve lo que hace Gao y decide hacer un pacto con él para convertirse en su Buddy Monster.