Continuación de la película Made in Abyss: Fukaki Tamashii no Reimei. Finalmente Riko, Reg y Nanachi han llegado a la sexta capa después de enfretarse a Bondrewd, el Soberano del Amanecer, pero ahora deberán lidiar con los peligros que habitan aquí. Adentrándose en la Capital Sin Retorno, nuevas criaturas y misterios se les presentarán, así como también conocerán a un nuevo personaje clave: Faputa, la princesa de los narehate.