La historia sigue a un joven genio universitario que puede aprender cualquier idioma. Se le pide que descifre un código utilizado en la comunicación inalámbrica: el Código de Luger, desarrollado por hombres lobo, enemigos de la humanidad. Sorprendido de descubrir que no puede descifrar el código y desesperado por estudiarlo, el profesor se embarca en un viaje para capturar a un hombre lobo vivo para ayudarlo.
Un misterioso personaje llamado Hawk, recibe el encargo de eliminar a Lupin III. Hawk, también conocido como "El Fantasma de las Bermudas", es un antiguo soldado que se creía muerto y que tiene en su haber la muerte de más de 2000 enemigos. ¿Podrá Lupin escapar de él? ¿Qué papel juega Goemon en todo esto?
El inspector Zenigata es arrestado por cargos de conspiración por ayudar a Lupin. Sin embargo, Lupin está detrás de un diamante especial llamado Cristal Temporal que también es la clave para controlar una supercomputadora cuántica que se puede utilizar para goberanar el mundo. Mientras Lupin intenta robar el cristal, Jigen lo traiciona. Lupin y Goemon deberán enfrentarse a Jigen, por el destino del Cristal Temporal.
La historia comienza con el secuestro de la joven empresaria, Revecca Rosellini. Al enterarse de su secuestro, Lupin irá a su rescate junto a una ayuda inesperada. Esto forma parte de los planes del "Conde Enmascarado", que ha enviado una carta de desafio a Lupin. El objetivo: ver quien consigue primero la "herencia del conde de Cagliostro".
La película es una secuela spinoff de la serie de anime de 2012 “Lupin III: La Mujer Llamada Fujiko Mine”. Lupin y Jigen le han echado el ojo a un tesoro llamado “Pequeño Cometa”, que se encuentra en el país de Doroa del Este. Este país ha fortificado sus fronteras después de que una cantante llamada Reina Malta fuese asesinada en el país vecino de Doroa del Oeste durante un viaje. Pese a que los dos países son enemigos, Lupin y Jigen siguen adelante con su plan de robar el tesoro. Durante el golpe, Jigen casi muere debido al disparo de un habilidoso francotirador llamado Yael Okuzaki. Acostumbra a preparar lápidas para sus objetivos antes de matarlos. Se dice que nadie ha sobrevivido después de que Yael le prepare su lápida.
Episodio especial para celebrar el 40º aniversario de Lupin III. Lupin invita sus amigos a una villa en una isla privada tras cinco años separados. Mientras Lupin está preparando una gran sorpresa, Fumiko, Jigen y Goemon se percatan de que su comportamiento está siendo algo inusual. Aun más extraña es la presencia de un hombre con una máscara de hierro que está encadenado a un muro.
El ladrón más elegante está preparado para su siguiente capítulo, a menos que el agudo Sherlock Homes tenga algo que decir sobre ello. Cuando el compañero de siempre de Holmes, Watson, es asesinado, aparece no otro que Lupin en la primera posición de su lista de sospechosos. Con Holmes ganándole terreno a gran ritmo, Lupin debe demostrar su inocencia y hacer que una organización que va por el nombre de The Raven dé la cara... si es que quiere vivir para robar otro día más.
La banda de Lupin se infiltra en el Reino de Dorrente para liberar a un legendario ladrón, Hector Corbett Finnegan, que ha sido encarcelado y está a la espera de su ejecución. Pero no solo ellos, sino un grupo de los mejores ladrones del mundo se darán cita en el reino para liberar a Finnegan y descubrir donde oculta su gran fortuna. Sin embargo, un oscuro secreto les aguarda en la prisión de El Guille...