Nina Yamada llevaba una vida completamente normal hasta que un día, se tragó accidentalmente la garasu shinju, o perla de cristal, que es indispensable para que un grupo de aprendices de hechiceros alcancen su máximo nivel. Ante ello, y en lo que se desarrolla la poción para recuperarla, los dos estudiantes Ichii y Zero deciden resguardarla, tiempo más que suficiente como para que se de un complejo triángulo amoroso

Una mañana, Ran se despierta sobresaltada por una pesadilla. En ella, a su madre Eri le pegan un tiro. Ran no tiene ni idea del porqué de ese sueño hasta que recuerda que 10 años antes su padre Kogoro, cuando aún estaba en el cuerpo de policía, disparó a Eri como único modo de arrestar al criminal Jo Murakami. Justamente en esos días, Jo Murakami ha salido de prisión tras cumplir una condena de 10 años por sus crímenes. Kogoro Mouri y Juuzo Megure fueron sus captores. Una semana después de recobrar la libertad Murakami, los conocidos de Kogoro están siendo objetivo de un atacante desconocido. El primero es el inspector Megure, que es alcanzado por una flecha mientras corre por el parque. ¿Quién le ha disparado y qué significa la espada que se encuentra junto al lugar de suceso? El segundo ataque tiene como víctima a Eri Kisaki, la mujer de Kogoro aunque ya no vivan juntos, que es envenenada con bombones de chocolate. En la caja de bombones aparece un flor de papel que a Kogoro le es extrañamente familiar. El siguiente en caer es el profesor Hiroshi Agase, alcanzado también por una flecha. El objeto encontrado permite que Conan comience a discernir la verdad de todos los ataques que se están sucediendo. ¿Logrará pararle los pies a Jo Murakami antes de que continúe atacando a los seres queridos de Kogoro? ¿Y cuál es la importancia del disparo de Kogoro a Eri 10 años atrás?

En la ciudad de Nishitamashi se va a inaugurar un edificio con forma de torres gemelas, con 75 plantas de alto que hacen que desde el suelo parezca que han de alcanzar el cielo. Al reconocer las torres mientras vuelven de un campamento escolar, Conan y los pequeños detectives deciden verlas de cerca. En el edificio se encuentran con Kogoro, Ran y Sonoko por casualidad. Resulta que la presidenta del Tokiwa Group, Mio Tokiwa, y Kogoro eran viejos compañeros de la universidad, y la mujer había invitado a Kogoro para enseñarle el edificio el día antes de ser inaugurado. Uniéndose a ellos, Conan y el resto de niños se escapan del tour guiado por Mio y van hasta el último piso para ver la maravillosa vista de la ciudad. Pero algo va mal para Conan. Dos trabajadores están hablando y dicen que hay un coche sospechoso delante del edifico, un Porsche 356A negro... un coche como el de Gin, de la asociación de los Hombres de Negro ("Kurozukume"). ¿Por qué tendrían que estar interesados en ese edificio? Todo se empieza a enmarañar cuando esa noche es asesinado Ooki Imawatsu, concejal de la ciudad y una de las personas más implicadas en el proyecto de las torres gemelas. El asesinato por apuñalamiento se produce en una de las suites del hotel situado en la torre B. ¿Quién ha matado a Ooki? ¿Podría ser que los Hombres de Negro estén implicados en el asunto? Además, el comportamiento de Haibara es extraño. Mientras estaban en el campamento, Genta la pilló haciendo una llamada bien entrada la noche. ¿A quién llamaba y qué le dijo? ¡Sólo Conan Edogawa puede resolver los misterios que se ocultan entre ambos edificios!

La acción se desarrolla desde que se presentan los primeros síntomas de que se aproxima un nuevo invierno hasta la llegada de la primavera. La protagonista de "Mori No Tonto Tachi" es una chiquilla de rubia cabellera y sonrosados cabellos llamada Elisa que vive con su abuelo Elías en el pueblo. Todos pasan su vida en el bosque de Joulupukki y trabajan en la fabricación de regalos con destino a la navidad. Elisa, que vigila el vuelo de los pájaros, es la primera en llegar y es momento de recoger en el bosque los materiales necesarios para preparar los regalos.

Mei, la pequeña de las hermanas Kusakabe, está jugando fuera de casa cuando ve un pequeño tornado desplazándose rápidamente. Lo ahuyenta hacia su casa para intentar atraparlo. Cuando lo consigue descubre que se trata en un pequeño gatobús, que permanece asustado por verse atrapado hasta que la niña le ofrece un caramelo. Poco después llega su progenitor, el gatobús del largometraje, y se marchan. Por la noche, el pequeño gatobús regresa con su nueva amiga Mei e inician un mágico viaje al bosque donde se celebra una gran reunión de espíritus, a la que llegan en gatobuses de todos los tamaños. Es allí donde Mei se reencuentra con un viejo amigo, Totoro.

Tomando la historia original de Detective Conan, la primera película de este detective comienza con una serie de amenazas de bomba. Conan recibirá llamadas que van dirigidas hacia Shinichi y en las cuales da pistas sobre la situación de las bombas. La primera bomba se encuentra en un avión de juguete con el cual están jugando Genta, Mitsuhiko y Ayumi y la segunda bomba está en la estación de Beika. Después de ir bomba tras bomba, Conan debe detener una antes de que destruya un rascacielos en el centro de la ciudad cuya potencia causaría millones de dólares en daños y cientos de muertos. ¿Quién está colocando las bombas? ¿Cuáles son sus motivos? ¡Sigue las pistas con Conan y descubre al culpable!

Tras haber perdido la final de la Copa Mundial de Béisbol, Goro Shigeno, vuelve a Estados Unidos para jugar la Major League en el equipo de los Indiana Hornets, es recibido como un héroe por el dueño del equipo garantizándole un lugar entre lo titulares, pero pronto descubrirán de que él todavía no se recupera psicológicamente de la derrota en la final, podrá Goro cumplir con las expectativas de todos o terminará hundiéndose en la depresión...

Película en 3D IMAX, exhibida solo en el Suntory Museum de Osaka. Un día, el propietario de una galería recibe un mensaje de Kaito Kid anunciando que va a robar uno de los tesoros de la galería. Una vez más, Conan deberá descifrar el código que ha dejado Kid para que Kogoro y Ran, con la ayuda de los inspectores de policía de Nakamori, eviten el robo del tesoro...

Al vencer al líder del Comité de Moral Pública, Myouri Unzen, Medaka ha puesto en marcha un proyecto que el director de la Academia Hakoniwa esperaba con ansias: El Plan Probeta. Bajo este plan, el director intenta manipular a Medaka para que cumpla sus objetivos enfrentando al Consejo Estudiantil contra la Clase 13. Un grupo de individuos que se hacen llamar Anormales.

El argumento se sitúa en el Japón antiguo, en una época de rebeldía, guerreros samuráis y pueblos separados por miles de kilómetros. Una guerra se desencadena en el campo. El clan Tatara, los fundidores de hierro, empiezan a arrasar los bosques. Entonces el Gran Dios del Bosque, una criatura mítica, concede a los dioses del bosque, que adoptan la forma de gigantescas bestias, el poder para proteger su tierra contra los humanos. En un pueblo lejano de las montañas, muy al norte de Japón, Ashitaka, el último joven guerrero del clan Emishi, a punto de extinguirse, se ve obligado a matar un monstruo para proteger su pueblo. Al fin, aunque demasiado tarde, descubre que la criatura con forma de jabalí que acaba de matar es uno de los dioses protectores del bosque. Al matar al jabalí demoníaco, cae sobre Ashitaka una maldición que adopta la forma de una cicatriz torcida en el brazo y que va extendiéndose poco a poco. Ashitaka emprende un viaje hacia las tierras del clan Tatara, donde espera poder comprender el origen de la misteriosa maldición antes de que se cobre su vida. Allí conoce a Lady Eboshi, una gran mujer y una auténtica líder. En el camino, se ve involucrado en una agria lucha entre dos pueblos en desacuerdo y en una pugna de las divinidades del bosque. En una de estas batallas, Ashitaka conoce a San, La Princesa Mononoke, una joven criada por los lobos y dispuesta a morir para derrotar a los humanos. Contra su voluntad, Ashitaka se ve metido en la lucha entre el hombre y la naturaleza, e intenta convencer a ambas partes para que busquen una solución pacífica, que acabe con el círculo vicioso de matanzas. Lo que quiere encontrar es un terreno neutro en el cual las criaturas del bosque y los humanos puedan convivir en un mundo pacífico.

En la ciudad de Nishitamashi se va a inaugurar un edificio con forma de torres gemelas, con 75 plantas de alto que hacen que desde el suelo parezca que han de alcanzar el cielo. Al reconocer las torres mientras vuelven de un campamento escolar, Conan y los pequeños detectives deciden verlas de cerca. En el edificio se encuentran con Kogoro, Ran y Sonoko por casualidad. Resulta que la presidenta del Tokiwa Group, Mio Tokiwa, y Kogoro eran viejos compañeros de la universidad, y la mujer había invitado a Kogoro para enseñarle el edificio el día antes de ser inaugurado. Uniéndose a ellos, Conan y el resto de niños se escapan del tour guiado por Mio y van hasta el último piso para ver la maravillosa vista de la ciudad. Pero algo va mal para Conan. Dos trabajadores están hablando y dicen que hay un coche sospechoso delante del edifico, un Porsche 356A negro... un coche como el de Gin, de la asociación de los Hombres de Negro ("Kurozukume"). ¿Por qué tendrían que estar interesados en ese edificio? Todo se empieza a enmarañar cuando esa noche es asesinado Ooki Imawatsu, concejal de la ciudad y una de las personas más implicadas en el proyecto de las torres gemelas. El asesinato por apuñalamiento se produce en una de las suites del hotel situado en la torre B. ¿Quién ha matado a Ooki? ¿Podría ser que los Hombres de Negro estén implicados en el asunto? Además, el comportamiento de Haibara es extraño. Mientras estaban en el campamento, Genta la pilló haciendo una llamada bien entrada la noche. ¿A quién llamaba y qué le dijo? ¡Sólo Conan Edogawa puede resolver los misterios que se ocultan entre ambos edificios!

Hace 15 años, el Daiichi Yachiyo Maru, un buque de carga, se estrello contra un gran iceberg al norte del Océano Pacífico, y se hundió. El capitán y su tripulación murieron. Ahora, en Nishitama, un diseñador de barcos de la Yatsushiro Shipbuilder, perteneciente a Yatsushiro Financial Combine, sufrió de un ataque repentino al corazón mientras conducía, y murió en un accidente de tráfico. Seis meses han pasado desde entonces. Conan, Ran, y Kogoro disfrutan de su viaje en el Afrodita. Afrodita es un transatlántico de lujo, y zarpan hacia el Océano Pacífico en su primer viaje. Sin embargo, hay una persona sospechosa, y finalmente ocurre un asesinato. Esto es el principio de un complot horrible en el océano donde no hay ningún lugar para escapar.

Kaito y Aoko estan viajando en tren con el padre de Aoko, el Inspector Nakamori, intentando ayudar a detener a Kaitou Kid para evitar el robo de una gema preciosa conocida como Crystal Mother. Poco pueden hacer Aoko y el Inspector Nakamori cuando se enteran que Kaito es Kaitou Kid y él hará lo que sea para conseguir la gema. Lamentablemente para Kaito, él también es seguido por Conan y un pequeño muchacho Philip que harán algo para detenerlo.

Maki Juri, la actriz más famosa de Japón pidió ayuda a la Agencia del Detective Mori. Debío adivinar el verdadero significado del anuncio preliminar al crimen del Ladrón Kid anunciando que él la privaría de su anillo de zafiro de estrella, "Joya del Destino". Kogoro dedujo que Kid aparecería el día de la funcion final, y él robaría el zafiro de estrella durante la obra. La reunion de Kogoro, Ran, Conan, y el grupo de jovenes detectives, al que habían invitado a la representacion, visitaron el teatro "Sora". Este era un teatro recién inaugurado en Shiono Site de Tokio, para confirmar si el crimen comenzaría como Kogoro predijo. Conan tenía una gran duda sobre la interpretación de Kogoro del aviso. Él encontró inconsistencias en la superficial deducción de Kogoro, y esperando al Ladrón Kid de un viejo enemigo.

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