Sinopsis

En el año 2012, Tokyo es atacada repentínamente por una misteriosa organización llamada "MU".

Ayato Kamina es sólo un típico estudiante de instituto en ese momento. Su padre murió cuando erea joven, y su madre trabaja para el gobierno. Ayato conoce a una mujer misteriosa que se llama Reika Mishima y descubre la existencia de un robot gigante alado, Rahxephon. Aparentemente, Rahxephon, se ha sincronizado bien con Ayato. ¿Será la clave para salvar a Japón?