Sinopsis

El Galaxy Express 999 ha continuado haciendo sus viajes por la galaxia hacia La Metal llevando a todos aquellos que no desean morir y buscan la inmortalidad conviertiendo su cuerpo en Ciborg.

La reina Promethium, buscando la sobrevivencia de su pueblo en la inhóspita y fría La Metal, el planeta errante, que no gira alrededor de ningún sol, decide obligar a sus ciudadanos a ocupar un cuerpo mecánico, con esto no sólo soportarían las condiciones ásperas de La Metal, si no también alcanzarían la vida eterna.

Pronto, muchos seres en la galaxia, incluidos los humanos, harán el viaje a través del Galaxy Express 999 buscando la inmortalidad usando la tecnología de La Metal.

Sin embargo, para muchos humanos la inmortalidad conseguida a través de un cuerpo mecánico, tiene un precio muy alto, perder lo propio que los hacía humanos. Por eso muchos de ellos deciden rebelarse contra las intenciones de la reina Promethium, de convertir toda la vida en las galaxias en Cyborgs, creyendo evitar el sufrimiento que produce un cuerpo biológico.

En uno de los muchos viajes del Galaxy Express 999, sube una joven de largos cabellos rubios que busca volver a su hogar. Durante el viaje, conoce a un niño que sueña con matar a la reina Promethium para vengar la muerte de sus padres. Es ahí donde la historia comienza.