Sinopsis

Satoshi y sus amigos viajan a LaRousse, donde conocen a un chico llamado Tooi, que tiene miedo a los pokemon por un incidente ocurrido hace 4 años. Mientras tanto, Deoxys, un pokemon del espacio, ha reaparecido, poniendo una barrera alrededor de la ciudad y secuestrando a la gente. Rayquaza, un pokemon que vive en la atmósfera, viene a luchar contra él.