Sinopsis

Año 2201. La Humanidad ha hecho grandes descubrimientos en el espacio, y la civilización científica está desarrollándose más y más. Las diferencias entre ricos y pobres ahora son abismales. Naturalmente, esto provocará conflictos. En todo el universo, la gente se está volviendo loca por máquinas de uso personal que se usan en carreras de alta velocidad, llamadas F-Zero. Con estas máquinas de competición, se organizan carreras en circuitos situados por todos lados del universo para obtener el título de conductor mas rápido del universo. Es la Fórmula 1 del futuro. Pilotos insensatos de todos lugares del universo se reúnen para luchar por el premio en metálico y por el mayor honor que se puede alcanzar.

Entre estos pilotos se encuentran el recién llegado Ryu Suzaku y el misterioso Capitán Piloto enmascarado, y son los más populares. Cada carrera jugarán sucio para ganar, lo que suele acabar en una violenta lucha. Sin embargo, Ryu guarda un misterioso secreto...

En el año 2051, Ryu Suzaku trabajaba como detective de policía y tuvo un accidente en el transcurso de una misión, sufrió una lesión incurable y se le metió en una cámara criogénica. 150 años más tarde, fue rehabilitado y se le dio una nueva vida, formando parte del ejército.

Ahora, trabaja en secreto para la "Policía de la Vía Láctea" para poder desmantelar una organización criminal que quiere extender su influencia a las carreras de F-Zero robando las recaudaciones.

Sin embargo, Zoda, el criminal que causó el accidente de hace 150 años, es revivido en esta época y Ryu, que sabe los movimientos secretos que éste utiliza, por segunda vez, ahora en las carreras de F-Zero, decide participar para su escuadrón.

Durante las continuas luchas en las crueles carreras, Ryu se despedirá definitivamente de su antigua vida...