Sinopsis

En Gundam Seed existen dos razas humanas, primero están los Naturales, que son la gente normal que vive en la Tierra, y luego están los Coordinadores, que han sido genéticamente manipulados para vivir en PLANTs (Colonias espaciales).

Algunos Coordinadores piensan que son especiales y que son mejores que los Naturales. Sin embargo, algunos Naturales viven ahora en el espacio y algunos Coordinadores en la Tierra.

La confrontación entre la Alianza Terrestre (Naturales) y ZAFT (Coordinadores), originada debido a fricciones económicas, ha llegado a un punto muerto.
Finalmente, ambos lados han optado por el último recurso de la diplomacia - en otras palabras, se han declarado la guerra. Nuestra historia empieza más o menos un año después.
Heliópolis, un satélite de suministros perteneciente a una nación neutral, es súbitamente atacado por un grupo de Mobile Suits de ZAFT. El objetivo es capturar los nuevos Mobile Suits de la Alianza Atlántica, que la Alianza Terrestre producía en ese lugar en el más absoluto secreto. El asalto tiene éxito, y ZAFT captura cuatro de los Mobile Suits.
Kira Yamato, un estudiante de un colegio de ingeniería, es arrastrado al conflicto cuando se reúne con su viejo amigo Asran Zara. Trágicamente, Kira descubre que su camarada Asran y los otros Coordinadores son ahora sus enemigos. Por causas patrióticas, Asran deberá derrotar a Kira.
Cuatro contra uno... ¡La batalla entre los Gundams comienza!